因为客观条件，任一光学系统都不能生成理论上理想的像，各种像差的存在影响了生物显微镜的成像质量。下面分别简要介绍各种像差。

　　1、色差

　　色差是透镜成像的一个严重缺陷，发生在多色光为光源的情况下，单色光不发生色差。白光由红橙黄绿青蓝紫七种组成，各种光的波长不同，所以在经过透镜时的折射率也不同，这样物方一个点，在像方则或许形成一个色斑。光学系统主要的功用就是消色差。

　　色差一般有方位色差，放大率色差。方位色差使像在任一方位观察都带有色斑或晕环，使像含糊不清。而放大率色差使像带有五颜六色边际。

　　2、球差

　　球差是轴上点的单色相差，是因为透镜的球形表面形成的。球差形成的结果是，一个点成像后，不在是个亮点，而是一个中间亮边际逐步含糊的亮斑，然后影响成像质量。

　　球差的纠正常使用透镜组合来消除，因为凸、凹透镜的球差是相反的，可选配不同材料的凸凹透镜胶合起来给予消除。旧型号显微镜，物镜的球差没有彻底纠正，应与相应的补偿目镜配合，才干到达纠正效果。一般新型显微镜的球差彻底由物镜消除。

　　3、慧差

　　慧差属轴外点的单色像差。轴外物点以大孔径光束成像时，发出的光束经过透镜后，不再相交一点，则一光点的像便会得到一逗点状，型如慧星，故称“慧差”。

　　4、像散

　　像散也是影响明晰度的轴外点单色像差。当视场很大时，边际上的物点离光轴远，光束歪斜大，经透镜后则引起像散。像散使原来的物点在成像后变成两个别离并且相互垂直的短线，在理想像平面上综合后，形成一个椭圆形的斑驳。像散是经过杂乱的透镜组合来消除。

　　5、场曲

　　场曲又称“像场曲折”。当透镜存在场曲时，整个光束的交点不与理想像点重合，虽然在每个特定点都能得到明晰的像点，但整个像平面则是一个曲面。这样在镜检时不能同时看清整个像面，给观察和照相形成困难。因而研讨用显微镜的物镜一般都是平场物镜，这种物镜现已纠正了场曲。

　　6、畸变

　　前面所说各种像差除场曲外，都影响像的明晰度。畸变是另一种性质的像差，光束的同心性不受到破坏。因而，不影响像的明晰度，但使像与原物体比，在形状上形成失真。